以下所有时间，以本故事发生时间为基准。
距今约800年前：地球人类空间技术取得突破性进展，实现了突破空间的传送技术并且被迅速运用于宇航领域，使星际距离之间的旅行成为可能。这是地球人类自工业革命、信息技术革命之后的又一伟大科技革命，自此，人类由地球时代进入了宇宙大航海时代。
距今约750年前：地球人类成功从超能力者身上发现了物质化力量，并且成功控制了这种与能够与人体完美结合，使拥有者本身变得无比强大的超级力量。这是地球人类在空间技术革命之后人类有史以来最伟大的科技革命，标志着人类由追求不断强化外部工具力量的外部科技，提升为追求不断强化自身身体力量的内部科技的全新时代到来。自此，人类踏上了以科技的力量实现自身进化，成为“超人类”伟大道路。从此，有关物质化力量的一切科学开始迅猛发展，后来所有关于HIME的故事也由此开始。
距今约610年前：一个地外文明种族在对地球人类进行了数百年的观察和研究后，决定正式与地球人类接触，以互利互惠的目的为基础与地球人类建立正式外交关系。该地外文明种族与人类相适应的物质化力量核心仪器——媛星。向地球人类派出了使者——“黑曜之君”。地球人类首次与自身之外的智慧生物接触并交往，标志着地球人类历史又一伟大时刻的来临。当时，整个地球为之轰动。短短两百年内，全地球人类连续经历了三个伟大时刻的来临，人类自豪感空前高涨。之后的数年内，人类进入了全新的科技黄金时代，同一时间，秘密科学邪教组织——侍僧党(AcolyteCommunist)在没有任何人知晓的情况下悄然成立。
距今约600年前：在与地球人类进行了约十年的交流之后，地外文明种族的使者——黑曜之君向地球人类提出了他们种族的要求。原来这个种族当时虽然拥有比人类更先进的科技，但是由于自身的遗传潜能已经被开发到了极限，为了避免自己的种族走向衰亡，他们决定派出使者前来地球，与地球人类相互交换自身遗传信息改造双方种族。黑曜之君自己就是以地球人类男子优良基因为蓝本，所创造的一个兼带有他们种族最优良基因作为‘父体’的男子。当时地球人类发现物质化力量已经有了一段时间，但是该种族的技术依然让地球人类对物质化力量的应用跨越了多个原本需要数百年时间才能实现决定性阶段。作为这些技术的交换，黑曜之君代表该种族要求让人类年轻女性获得当时最高级别的物质化力量——高次物质化力量，也就是成为HIME。然后以最原始最残酷的方式，让HIME们互相残杀，直到决出唯一的胜者。而这名胜利者也就被该种族自动视为地球人类最完美的女性基因拥有者，成为‘母体’与黑曜之君结合，产生的后代也就成为该种族改造自身基因的完美蓝本，这一过程被称为‘蚀之祭’。就这样，经过了一番惨烈的争斗，胜利者诞生了，她就是水晶之HIME。然后，水晶之HIME与黑曜之君结合，产生了后代，地外智慧种族获得了他们想要的基因蓝本。以上这一计划虽然对两个种族而言都是必须的，但由于仍然难以符合地球人类的普世价值观，因此当时世界各国政府在联合国机构的协调下，选择了完全隐秘的形式施行这一计划——把经过暗中挑选的人类年轻女子送入一所国际学院，然后让她们在自己都完全不知情的情况下自相残杀，直到决出最后胜者。以上这一过程始终未对民众透露，但世界各国政府内都保存着这一计划的完整档案。后来，黑曜之君将作为基因蓝本的后代送回自己母星之后，所在的飞船意外爆炸，当时在飞船上的黑曜之君、水晶之HIME以及数名一直参与整个计划的科学家全部遇难。并且由于黑曜之君所带来的飞船被炸毁，导致地球人类与该地外文明失去了联络。当时全球为他们举行了盛大的哀悼仪式，联合国门前的各国国旗降半旗长达三个月之久。同时，黑曜之君遗留下来的物质化力量核心控制仪器——媛星停止了运转，过了很久之后，人们也就渐渐淡忘了这些事情。
距今约300年前：人类物质化力量应用已经达到了绝对空前的高峰，并且已经完全民用化。这时世界各国都在大规模应用于一切可以应用的领域，也包括普通民众的教育领域。当时地球上据初步估计有数千所能够培养拥有物质化力量学员的学校。但是，日本一所名为“风花学院”的学院引起了政府的高度重视，原因无它，只因为这所学院内被政府侦测出，存在着和当年黑曜之君留下的媛星力量非常接近的物质化力量——高次物质化力量。而且根据情报，学院内似乎出现了和档案中所记载的当年进行‘蚀之祭’时的状况，甚至似乎还有不少武装组织参与其中。于是，政府方面与世界各国进行秘密磋商后，决定派遣一名平时一直以教师身份为掩护的精干特工探员，进入风花学院调查。该特工探员进入风花学院后，有了惊人的发现：黑曜之君竟然复活；学院内产生了能够直接与媛星建立联系，从媛星获得当时最高级别物质化力量——高次物质化力量的学员，也就是HIME；蚀之祭再次开始；又有多个武装组织参与其中。
{至此《舞HIME》的剧情开始。}
最后该特工汇报称——经过无数的战斗之后，复活后想要毁掉地球的黑曜之君被彻底打败。学院内所有的HIME以及其钥匙全部意外地复活，原来风花学院的学院长风花真白就是当年的水晶之HIME转生后附身的傀儡，她所做的一切都是为了阻止黑曜之君，现已消失。由她原来的女仆姬野二三接管了学院。该特工还声明，自己在学院的期间，感到尽管自己的身份是特工，自己的灵魂却终究是属于老师的。因此请求以当前的身份，永远留在风花学院。政府当局经过慎重考虑后，决定就让这件事永远成为秘密，并作为出色完成使命的奖励，批准了该特工的请求。但是自此之后，在三百多年前就一直停止运转的媛星开始重新启动！
在此故事{《舞HIME》的剧情，下同}发生的一年以后，在风花学院成立的周年校庆上，一群身份不明的人闯入风花学院，启动了威力巨大的武器，在数分钟之内风花学院就变成了废墟，当时处于学院内的所有人员无一幸免，只有不到十名当时正好处于学院之外的人员得以幸免。这就是震惊世界的“风花学院惨案”。三个星期之后，就在全世界都还没弄清楚这是怎么回事的时候，世界各地突然爆发了大规模的武装冲突，经过物质化力量改造的战士以惊人的规模出现在武装冲突当中。可怕的武装冲突迅速蔓延和升级，并且牵扯越来越广，一直上升到动摇国家、民族、人种、宗教和政治信仰等一切人类社会根本的巨大冲突。人类原本在彼此克制下维持的和平之脆弱性被充分地暴露出来。世界各国无一例外被卷入，所幸所有国家政府还在努力保持最后的冷静，没有动用灭绝性武器。
一年零一个月之后，在地球人类进入物质化力量内部科技时代后的伟大英雄出现，她向世界各国揭露了这一切的灾难都是已经在地球上秘密存在了三百多年的侍僧党阴谋所造成。之后，伟大英雄杀死了自己的养母等侍僧党成员，又为了制止自己所在国际HIME学院的五百多名同学自相残杀，献出了自己18岁年轻的生命，留下了改变整个人类进程的物质化力量应用研究成果后与世长辞。
至此，真相被完全揭露。原来试图将整个世界变成亡灵国度的侍僧党其首领就是约600年前代表地球人类一直参与着与黑曜之君进行交流的科学家之一，他当年已经获得了关于灵魂控制方面的科技，成功把自己的灵魂脱离身体固定在了控制灵魂的GEM宝石内，借黑曜之君将作为基因蓝本的后代送回自己母星的机会，把黑曜之君与水晶之HIME连同自己没有灵魂，如同木偶一般的躯体一起炸毁在发送的飞船上。然后亡灵之王不仅在灵魂石中以感应技术向侍僧党成员发号施令，继续领导着侍僧党的活动。连黑曜之君的灵魂也被他成功控制，变成了傀儡恶魔。而水晶之HIME的灵魂则被他们有意放过，结果已经对黑曜之君产生感情的水晶之HIME的灵魂在自身强烈感情之下，附着于一个傀儡之上沉睡。过了将近300年后，这个傀儡被姬野二三唤醒，变成傀儡之身的水晶之HIME恢复了原来的记忆。于是侍僧党组织便设法放出早已被控制灵魂的黑曜之君作恶，利用水晶之HIME对黑曜之君的感情，培养出具有新的水晶之HIME潜质的HIME，并最终开启当年被封闭停止运转的媛星。最后所有HIME们的复活，其实同样是早已掌握了亡灵制造技术，重新获得肉体出现在世人面前的亡灵之王的安排。因为他感到风花学院所有的HIME实力成长已经超出了他的预计，所以把所有HIME复活的真正目的就是为了把她们转化为自己最强的亡灵战士！一切准备就绪之后，他就对学院下手，成功污染媛星力量并加以控制。之前，他们以科学研究的名义不断进行实验，并且与世界上许多野心势力如财团、恐怖组织、扩张政府等暗中勾结甚至直接渗透其中。在制造了风花学院惨案后，利用世界所有武装组织处于高度紧张的状态，造谣声称是彼此的敌对势力已经夺取了风花学院HIME们和媛星的究极力量，正准备将自身一举歼灭，并且侍僧党还主动让自己的成员制造冲突事件。高度紧张下的世界各武装组织很快就沉不住气了，动用平日里在该邪教组织指导下用物质化力量改造后的战士进行大规模火并。才演变成可怕的全球性大规模武装冲突。
侍僧党的罪恶行径彻底暴露以后，侍僧党的成员们疯狂地把连同自己在内所有可以控制的经过物质化力量改造的战士全部强行转化为亡灵战士，与全世界开战！整个人类终于有史以来第一次超越了一切界限，不分国家、民族、人种、宗教和政治信仰等一切人类社会根本而站到了一起，建立了地球人类联盟，为了共同的信念并肩作战。这场艰苦卓绝、旷日持久的战争在地球上并没有维持多久，但是造成了巨大的人员伤亡与财富损失，全球仅直接死亡人数就超过了三亿。
一年零九个月后，侍僧党在地球战场上已经崩溃，宣告彻底倒台。但不甘心失败的他们眼看在地球上胜利的希望渺茫，就把战场迅速转移到了力量相对薄弱很多的尚未开发完全的一些移民星上。而且不惜完全破坏依靠多代宇航人历尽千辛万苦建立起来的空间传送阵，使这些星球地球要与之取得联系必须重新经过数百年宇航才能重新建立，从而方便他们在这些星球上取得控制权，地球纪元移民星代称为艾尔亚的惑星就是其中之一，亡灵之王本人就逃到了这里。但在侍僧党彻底破坏传送阵之前，其意图被地球人类联盟察觉，于是地球人类联盟对每个侍僧党想要控制的移民星都派出了最精锐的战士作为亡灵猎手，在传送门被彻底破坏前运用最后剩余的备用能量将他们传送过去阻止侍僧党的阴谋。其中对惑星派出的是在风花学院惨案后唯一幸存的HIME姬野二三。之后惑星与地球的传送阵被侍僧党彻底炸毁，从此与地球断绝了联系。至此，惑星历史结束了地球纪元，进入移民历时代。
两年后，已抵达惑星的姬野二三一直在搜寻亡灵之王的踪迹，并不断使用超空间通讯技术，以惑星邻近星系的移民星为中转站与地球方面保持联系。这时的惑星突然爆发了史称“十二王战争”的大型战争，宇宙大航海时代开始就在惑星上建立的众多国家，分别以十二个实力较强的王国为首分成十二派，动用了无数拥有高次物质化力量的战士也就是HIME进行大混战，到后来甚至还动用了管风琴的毁灭力量。敏锐的姬野二三察觉到这与亡灵之王必定有关系，便立刻开始着手调查。根据姬野二三后来传送回地球的资料来看，这场战争其实就是亡灵之王以他所控制的十二名HIME，各自暗中支持十二个国家，帮助他们强化自己国家HIME的力量，然后进行大规模火并。死亡的HIME其灵魂就可以被他控制，并且把其生前获得的力量吸纳回被污染后的媛星，而管风琴同样也是被亡灵之王在败退到惑星之后带来的大规模杀伤性武器之一。于是姬野二三便向亡灵之王开战。
五年后，已经获得了人类制造的最强大的究极物质化力量的二三最终成功消灭了亡灵之王所有的势力，惑星上的十二王战争至此宣告终结。但是地球方面尚未收到二三彻底消灭亡灵之王的讯息传来，就失去了和二三的联系。地球方面感到二三很可能已经失败，于是完全依靠宇宙飞船，向惑星派出了新的亡灵猎手，也就是那名之前进入风花学院，已经接受过身体改造的特工探员。同时，惑星方面在战争结束后，由于战争动用的毁灭性力量太多，导致大部分的居住地变得不再适合人居住，绝大部分的人都居住在面积只有战争前十分之一左右的一片狭小的地方（注：面积比今天地球的欧洲略大一些）。同时，姬野二三的尸体被找到。
距今约290年前：由于姬野二三当年尚未来得及向所有人成功证明亡灵之王的阴谋就死了，经过长达五年马拉松式的协商谈判之后，不知内情的惑星剩余世界各国终于达成共识，把造成惑星绝大部分人类居住地和国家被毁灭的原因定为对带有危险性的科学技术的追求。从此协定，对物质化力量的使用加以限制。在剩余惑星各国之中最强盛的风花王国建立惑星上唯一培养拥有高次物质化力量战士的国际学院——加尔德罗贝学院，以被保存起来姬野二三尸体作为母体，生产能够控制高次物质化力量的GEM（纳米机器）耳环给学院的学员们佩带。作为保持惑星世界各国军事力量平衡的加尔德罗贝学院，同时还被加以了双重制约。第一是加尔德罗贝学院审议会，不定期召开，由世界各国共同商定学院招收学员的名额分配以及学院的其它事宜。第二则是对所有学员，包括毕业与未毕业的，都加以“乙式”条约限制，使其不能依靠自身意志发动物质化力量，必须要由与本人共享生命的主人进行“认证之吻”仪式才能够发动物质化力量。这就是今天“乙HIME”（注：乙式高次物质化力量拥有者的简称）的由来。同样，作为惑星各国唯一承认的正统物质化力量使用组织，加尔德罗贝学院同样一直秉持惑星剩余各国达成的反对一切带有危险性的科技，尤其是军事科技的共识行事。同时，另外两个未被惑星世界承认的非正统物质化力量使用组织——希巴鲁兹和阿斯沃德也分别在惑星人类聚居地区以外的无人区成立。这两个组织的前身，都是十二王战争时期以奴兽形式使用物质化力量的非HIME部队，他们的共同点还包括自始至终都不被惑星世界各国承认，完全被当作是恐怖组织，同样推崇地球时代强盛科技，反对惑星世界各国的共识。而惑星世界各国之所以不承认他们，原因在于这两个组织的内部纪律性太强，不适合于世界各国控制。再加上这两个组织都掌握着世界各国在战争时期一些不可告人的卑劣秘密，因此世界各国也达成了坚决不承认他们，让这两个组织不能住在惑星各国所在的人类聚居地内，只能在环境恶劣的无人区自生自灭的共识。但不同的是，希巴鲁兹组织的前身，直接就是十二王战争时期的雇佣兵部队，他们当初就一直被力量更加强大的HIME部队所压制。之后，又因为自身曾经在战争期间做出了多次非法和非人道掠夺财富与杀伤人员的恶劣行为，被后来成为所有乙HIME真祖的姬野二三消灭殆尽。因此后来的他们依旧干着雇佣兵的老本行，在极度渴望获得更强大的力量，借此获得他们一直想要的权利与财富的同时也极度憎恶着乙HIME。而阿斯沃德组织的前身是难民集团，该难民集团的成员原本都是在十二王战争时期被大规模战乱毁掉家园，背井离乡的难民。但是由于战争的破坏性不断升级，难民越来越多，原本靠世界各国公益慈善组织救济的阿斯沃德组织很快就没有了足够的经费，加上战争中的各国本来就只有兴趣去把钱扔在军队的身上。于是该难民组织被迫改建为了雇佣兵团组织，组织成员被迫投入到了当初毁灭他们家园的战争活动当中。由于这些没有什么势力的难民在战争时期一直都被派去执行炮灰性任务，除了大量死亡以外，剩下来的不少人也由于过多接触了可以损害人遗传物质的杀伤性武器，患上了严重的获得性遗传病，而且这种遗传病还在该组织内不断遗传给下一代。在战争结束后，由于世界各国都不愿意接收他们，他们的遗传病也就继续遗留了下来没能得到医治，以至于很多遗传病发作即将死去的成员只得把自己的身体改造成为生化机械以继续存活。他们对地球科技的信仰只是源于想要解除自身诅咒般的遗传病。这两个组织都一直保存到今天，虽然世界各国都不愿承认他们，但近300年来总是有很多野心当权者看中他们的力量，以优厚的待遇交换他们的支持。