送走了郝摇旗，李鸿基也把目光投向太原，巡抚宋统殷见太原危急，此时太原下属县郡除了西边的清徐县，其余县城都被义军攻破，忙将副将吴才率精兵五千人，星夜前往清徐扼守。
此时高迎祥部众已发展到了三十万，除老弱外，精锐之士不下六万，吴才也不是什么将才，果然合了他的名字无才，见义军声势浩大，哪敢守城，义军刚到没几天，便弃了城池，向太原逃去，不妨与张献忠相撞，吴才更是大惊，打马便逃，主将没信心，官兵的士气自然也高不到哪儿去，几乎是一触即溃，吴才由太原带出去的五千大军，只逃回了不到千人。整个太原城顿时被义军围了个水泄不通。
宋统殷又急又怕，看见吴才那种狼狈不堪的样子，恨得咬牙切齿，直接把他推出辕门斩首，然后吩咐各将紧守大门，严令出战。
太原是晋王番封重地，太原被围，朝庭振动，崇祯严令曹文诏加快速度，去救太原，曹文诏不敢怠慢，一路上攻城拔地，收复了永守，泽洲等城，向太原的外围寿阳逼近。
高迎祥不敢放松，曹文诏是有名的智勇双全的大将，当时军中流传一句话，叫：“军中有一曹，义军见了心惶惶。”高迎祥手下多数被曹文诏败过，死在曹文诏手下的义更是数不胜数，其手下众将都有惧意，不肯前去守城，其中只有王自用，王嘉胤，老回回马守应，满天星先已入山西，错过与曹文诏交手的机会，见其他人都害怕，主动请求前往，高迎祥大喜，调给四人一万精兵，前住寿阳。
安排好了寿阳人选，高迎祥不敢怠慢，马上向太原进攻，巡抚宋统殷知道太原是晋王番封重地，朝庭肯定会发兵来救，虽然断了与外面的联系，但打定主意死守，不理外面义军的嘲骂，高迎祥无夺，只得传令全力攻城。
王自用四人到了寿阳，高迎祥本要求他们死守，若能先拿下太原，把晋王处死，曹文诏救援不及，恐怕不需义军来攻，朝庭自会拿他定罪。
本来寿阳县虽小，但作为太原的屏障，城池高大，若四人真个死守，城内一万多精兵，曹文绍还真不容易拿下来，无奈高迎祥只看过四人对曹文诏没有惧怕心理，却没有想到四人是不知天高地厚之徒。
曹文诏见寿阳城高，兵精粮足，若要强攻，损失太大，也非短期能够攻下，故意让老弱兵卒天天在寿阳城下叫骂，四人果然受不得急，第三天，王自用四人就大开中门，率领精兵将曹文诏骂阵的部队杀了个七零八落，还连追十里，被曹文诏用精兵团团围住，义军拼命杀出重围，尽管义军都是精锐，但曹文诏的大军也都是精兵强将，满天星更是被曹文诏的侄儿曹变蛟一刀斩为两断。
王自用三人也各自带伤，一万精兵只逃回了三千，寿阳也被曹文诏夺去，自此，高迎祥的义军中再也没有将领还末在曹文诏手下败过。
这些天，高迎祥日夜不停攻打太原城，城外伏尸累累，太原不但城高墙厚，城头还有五门红衣大炮，架在城头，射程达十三四里，而且都是开花弹，一炸就是一大片，义军扎营都得远远避开大炮的射程，搞得义军的进攻郁闷无比，进攻也不得不避开有大炮的地方，还好城中大炮不多，否则就根本没法进攻了。
高迎祥正在进退两难之际，王自用三人狼狈而回，高迎祥大惊，这么快就丢了寿阳，询问了一下丢城经过，高迎祥大怒，指着三人大骂：“我叫你们死守，死守，什么叫死守，来人，将他们推下去全砍了。”
王自用三人大声求侥，罗汝才，张献忠等人也有免死狐悲之感，这些人都是自领一营或数营，若也象官军一样，丢城就处死，那以后轮到自己怎么办，纷纷向高迎祥求情，暂且侥了他们，以后带罪立功。
高迎祥见众人求情，余怒末消，道：“既然众人求情，死罪可免，活罪不赫，来人，把他们拖下去每人打二十大板。”
亲兵将三人拖了下去，不久就听到啪啪的大板声，夹杂着三人的痛叫，张献忠等人都听得心惊肉跳，暗暗寻思：“人在屋檐下，不得不低头，以后还是得寻个机会自立才是。”
高迎祥见丢了寿阳，太原又非短期可以攻下，若大军在坚城之下，曹文诏再一堵住退路，那全军可就死无葬身之地了，心中已有退意，和众将商议，下步将何去何从。
张宗衡、许鼎臣两人因争将迟疑不决，被义军趁机壮大，还围攻太原，受到崇祯严厉指责，两人知耻后勇，张宗衡飞调左良玉，虎大威，艾万年，猛如虎及副将颇希牡等各镇大兵，以及宣府，大同两处的兵马，陆续出发，往救太原。
许鼎臣亦遣副将张应昌，督率抚标人马，前来夹攻，和刚破寿阳的曹文诏组成了一个半圈，隐隐要把义军在包围在太原。
高迎祥大惊，趁着官军还末合围，急忙向和顺县城方向退去，太原之围遂解，曹文诏等人率兵紧追不啥，高迎祥断后的部队被杀的七零八落，高迎祥立不住脚，大败，只得往河南退去，整个山西被官军次第抚平。
高迎祥进入河南，一举拿下卢氏，栾川等县，都督邓祖禹率总戎张全昌、副将杨世恩、先锋邓天河、参将李文云、游击朱世盛、以五千人前来迎敌，高迎祥恐曹文诏追至，不敢迎战，被追杀二十里。
高迎祥还想再退，其部下老回回马守应道：“我军新来河南，若是一退再退，恐不等曹文诏来，我军就站不住脚了，不如先战一场，若再战不胜，走未晚也。”
高迎祥一听有理，遂率众与邓天河接战，马守应抵敌不过邓天河，两军相斗不久就退了下来，邓天河也不追赶，传令向义军发炮，邓天河这次带来七门大炮，可惜不是红衣大炮，只能打三里远，威力也小得多，侥是如此，义军被火炮击伤，击死其实也不多，但义军刹时勾起了在太原城下被官军红衣大炮所击，死伤累累的情景，争相逃命。
邓天河趁机驱兵追逐，高迎祥大惧，派出中军精锐压阵，这三千人一上，顿时止住了阵脚，邓天河带兵亲自冲在前线，罗汝才举刀砍向邓天河，邓天河挺枪迎战，交手数合，罗汝才见不能胜，佯装败走，邓天河逐之，却被高迎祥的中军所困。
罗汝才远离邓天河后，取出长箭向邓天河眉心射去，邓天河坠马，马上被高迎祥中军斩首，几乎砍成肉泥。邓祖禹心中大痛，叹曰：“吾子勇冠三军，今乃为国倾生，惜哉！”
复督张全昌进兵，这时官军也不足三千人，仗着火器才勉强与高迎祥斗个平手，高迎祥见官军的火器利害，不忍中军损伤太多，将五百强弓手调聚，射向官兵，官兵所用都是火绳枪，射程尚不及高迎祥的强弓，但弓箭费力太大，三五箭过后速度就慢了下来，两相斗了个棋逢对手。
那边总兵杨世恩却不战而走，为王自用追获，降了义军。邓祖禹大怒，亲率众出，忽然风雨大作，士卒寒栗，火药尽湿，官兵的火绳枪有如废物，邓祖禹仰首叹道：“天何困英雄若此？”
遂冒雨突前。混世王被铁简击回，刘国能敛伤左足而败，整世王复击背走，高迎祥大骇，悉众出战，遥谓祖禹道：“倘将军不鄙，愿求为帅，幸尊裁之。”
邓祖禹大怒道：“逆天叛贼敢胡论耶？我忠心报国，特来剿汝，此战不死不休。”
于是和朱世盛、李文云七将出战，高迎祥率义军混天王、扫地王等九人围之，搏战良久，官军到底兵少，火绳枪又失去作用，义军率众突进，邓祖禹本人和其部下都被义军所擒，高迎祥爱其勇猛，亲给邓祖禹解缚。
道：“误犯尊颜，望乞恕罪。若将军能归顺，愿为总主，万勿过辞。”
邓祖禹爱子被杀，安肯投降，道：“吾赤心报国忠臣，岂负圣主投贼乎？要杀就杀，何必多费口舌。”
高迎祥再三劝告。邓祖禹就是不充，后来索性骂不绝口。
高迎祥大怒，道：”既然如此，取他心来看，果赤否？“
邓祖禹叹道：“妻子已矣，所恨老母不得见耳。然自古忠臣为国忘家，莫不如此。予亦何憾。”从容而死。
高迎祥又向他手下七将劝降，无一答应，都被一一杀了，士众悉降，收总兵汪见国，擒德安府应城县令张绍登。经此一战，高迎祥遂在河南渐渐站住了脚。
曹文诏扫平了山西，没有进入河南，坐视高迎祥站稳了脚跟，一是崇祯给他的命令是节制山陕诸将，入山西剿贼，河南不归他管，二是官兵虽然连战连胜，但士卒已是疲惫，急需体整。三是山西本来尚且富裕，但经义军这么一闹，几乎波及全省，许多豪富之家都被义军所灭，百姓也多有逃亡，官军的粮响已是不继。
曹文诏扫平了山西，崇祯揽奏大悦，加封曹文诏为山西总督，加太子少保，原山西巡抚宋统殷畏敌如虎，以至太原被困，撤职查办，由许鼎臣按任，其它有功人员各有封赏。
崇祯还没高兴多久，就接连接奏，河南全省危急，卢氏，栾川等县皆入贼手，都督邓祖禹，总戎张全昌、副将杨世恩、先锋邓天河、参将李文云、游击朱世盛全部战死，崇祯顿时象被人从头到脚浇了一盆冷水，严厉申斥曹文诏纵贼进入河南，剥去其太子少保，令其带罪立功，再进入河南剿匪，务必要将高迎祥部剿灭在河南，否则到时两罪并罚，必不轻饶。
官军本大多是山西人，由陕西又转回了老家，一年多来，一直马不停蹄在两省奔波，将两省流贼剿了个干干净净，刚得到皇上封赏，正高高兴兴，想在老家休整，又马上被朝庭申斥，要求再入河南剿匪，顿时怨声载道，不愿动身，但曹文诏一向练兵严慎，张驰有度，这次受到皇帝申斥也满不是滋味，一心要想再建功勋，好挽回皇上的信任，在他的严令下，官兵也不敢懈怠，怒气冲冲的向河南杀来，要把怒气发泄在义军身上。
郝摇旗辛辛苦苦把兵器运到了山西，却发现义军差点在太原被官军所围，兵器也送不出去，而且山西的官兵越来越多，一个多月来已连续遇见了好几起，几次撕杀，兵器也丢失了一小半，郝摇旗无奈，只得先退入河南，用这批兵器扩了一万多人，后来高迎祥部也退到了河南，郝摇旗才与义军大部汇合。
义军部众在山西已损失了大半，河南一役，高迎祥的中军精锐也死伤惨重，有了这一批兵器，实力又是大增，此时河南先旱后雨，黄河又在数县决口，饥民正在敖敖待乳，义军一来就攻破数县，声威大振，饥民争相投靠，很快义军发展的比山西还大。
李鸿基一直在关注这场战势，听到义军被围时大惊，差点就想起兵相救，但左思右想还是按耐了下去，后来听到义军进了河南才放了心，见义军在河南发展迅速，估计曹文诏很快又要进入河南，此时陕西，山西两省就会完全空虚，目前商洛发展已到了一个瓶井，再等也没有更好的机会了。顿时打定了主意，要趁机拿下昔日两唐基业，凭这陕西和山西两省与大明争夺天下，发出命令，要求众将赶回商洛，商议大事。